L’anthropologie et l’archéologie préhistorique japonaises modernes se mettent en place dans les années 1870-1880, à la suite des débats savants et des missions ethnographiques des siècles précédents. Les débats qui ont lieu dans le contexte du tracé des frontières modernes et de la colonisation affirment, à la fin du XIXe siècle, les indigènes du Nord comme «barbares préhistoriques », ceux-ci se voyant construits en tant qu’entité homogène en la figure de l’« Aïnou », altérité de « race » du peuple japonais. La controverse en anthropologie préhistorique qui secoue la Société d’anthropologie de Tôkyô, quant à la nature « raciale» du peuplement autochtone de l’archipel, peut ainsi être interprétée, dans ses enjeux politiques, dans le cadre de la construction de l’État-nation moderne.